Agata Kern ist in Angerburg (Wegorzewo) in Masuren geboren, aufgewachsen ist sie in Steinort (Sztynort) und Rastenburg (Ketrzyn).
Sie studierte an der rechtswissenschaftlichen Fakultät der Universität zu Köln und hat das Studium mit dem zweiten juristischen Staatsexamen abgeschlossen.
Daneben absolvierte sie in Köln das Studium der Slavistik, Westslavistik und osteuropäischen Geschichte.